Encara que inicialment l'aigua arriba a la piscina en condicions sanitàries adequades, cal tenir en compte que una aigua estancada no és capaç de mantenir per si sola les condicions adequades.

Per garantir una aigua sense micoorganismos patògens, olors i sabors desagradables, productes tòxics i terbolesa és imprescindible sotmetre-la l'aigua a:

- Tractament físic: Recirculació, reposició, canvi, renovació i filtració de l'aigua.

- Tractament químic: Desinfecció de l'aigua, control i regulació d'alguna de les seves característiques

L'aigua és una substància que té la capacitat de transportar els microorganismes productors de malalties i diversitat de substàncies orgàniques i inorgàniques que poden ser nocives per a la salut.

La contaminació pot ser deguda per:

- Banyistes: Poden introduir contaminació de tipus microbiològic i tipus orgànic.

- Medi ambient: A través del vent i la pluja. Aquests fenòmens atmosfèrics poden introduir fulls|fulles, pols, pol·len, sorra... que poden transportar a l'aigua gèrmens patògens.

- Aigua de subministrament: Pot aportar contaminació si no està en les condicions sanitàries adequades.

- Productes químics: Poden produir contaminació quan s'utilitzen incorrectament ja sigui per un excés de producte (intoxicació), o bé per una insuficient utilització que facilitarà el desenvolupament dels microorganismes patògens.

La desinfecció de l'aigua de la piscina s'ha de realitzar amb bactericides i algicidas, reunint les següents característiques:

- Ser capaços de destruir els microorganismes patògens en poc temps

- Que les concentracions utilitzades siguin innòcues (no nocives) per a la salut dels banyistes

- No han de deixar olor, color o sabor en l'aigua

- Ser fàcils d'emmagatzemar i manipular

- La seva concentració en l'aigua ha de ser fàcilment perceptible

- Han de tenir acció residual